买卖国家公文证件印章罪是以金钱为对价买入或卖出国家机关的公文证件印章的行为，二者的区别在：
1、对象差异：非法经营罪的国家机关公文仅限于进出口许可证、进出口原产地证明及其他法律行政法规的经营许可证和批准文件。而买卖国家公文证印章罪的对象是非法经营罪以外的国家机关公文证件。实践中操作时可以看出非法经营罪的证件都是具有《对外贸易法》规定从事对外贸易资格的法人和其他组织向有关部门提交相关文件资料获得的。
2、客观行为方式的区别：非法经营罪还包括许多其他的内容，而买卖国家公文证件印章罪仅限于国家机关的公文证件印章行为。
