从理论上说，虚假出资罪与诈骗罪有着明显的区分，但因两者之间都具有欺诈性，因而可能产生交叉。实践中，若虚假出资罪含有欺诈因素，并且行为人往往在虚假出资后利用成立的公司进行欺骗活动，从而使得两罪难以区分。一般认为，对此可以分两种情况来处理：
（1）单纯的虚假出资中的欺诈行为。这种情况是指行为人仅存在为了虚假出资而实施欺诈行为。例如行为人对实物无权处置或虚构知识产权入股，欺骗其他股东。笔者认为：首先，这种情况不可能构成牵连犯。牵连犯的成立要求行为的复数性、独立性。这种情况下，一个欺诈行为，既是虚假出资罪的构成要件，也是诈骗罪的构成要件，认为构成牵连犯，就存在重复评价的问题。其次，凡是虚假出资，其目的都是为了骗取股份，进而分得红利。如果按上述观点理解，就无虚假出资罪的存在余地。从立法精神来看，刑法设立虚假出资罪的目的就在于打击虚假出资骗取股份、红利的行为，保护真实出资人的合法利益。所以，对于单纯采取欺诈手段虚假出资的，无论是否分得红利，仅成立虚假出资罪。
（2）行为人采取欺诈手段虚假出资后又有其他欺诈行为的情况。如果行为人虚假出资成立公司的目的就是为了利用公司骗取他人钱财，构成牵连犯，应从一重罪处断；而如果行为人虚假出资成立公司后才产生诈骗他人钱财的意图，则应数罪并罚。
