本罪侵犯的客体是复杂客体。即国家工作人员职务行为的廉洁制度和公私财物的所有权。
本罪客体的复杂性是由巨额财产来源不明罪的刑法内涵的复杂性和特殊性所决定的。本法设立本罪的目的是严密法网，使司法机关易于证明犯罪而使腐败官员难以逃避裁判。也即按通常的司法程序，在官员贪污受贿难以证实的情况下，把举证责任部分转移而设立本罪。
因此，首先，从设立该罪的目的就可以看出，巨额财产来源不明罪侵犯的首要客体是国家工作人员职务行为的廉洁性。其次，既然是巨额财产来源不明，本罪也就必然地侵害了社会主义的财产关系，侵犯了国有财产、集体财产和公民个人的财产所有权。
