1988年1月21日全国人大常委会通过的《关于惩治贪污罪贿赂罪的补充规定》（下文简称《补充规定》）第十一条第一款规定：“国家工作人员的财产或者支出明显超过合法收入，差额巨大的，可以责令说明来源。本人不能说明其来源是合法的，差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或拘役，或者单处没收其财产的差额部分。”
1997年3月14日全国人大通过的修订刑法，在第三百九十五条第一款中完全吸纳了《补充规定》对此罪的罪状表述，仅将法定刑中“或者单处没收其财产的差额部分”改为“财产的差额部分予以追缴”。
2009年2月28日全国人大常委会通过的《刑法修正案（七）》第十四条对此罪的构成条件和量刑幅度作出修改，将“财产或者支出”改成“财产、支出”，将“不能说明其来源是合法的”改成“不能说明其来源的”，将量刑增加一档：“差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。”这次对巨额财产来源不明罪所作的修改，是立法机关经过了长时间的考量与酝酿，并且广泛征求了各方面意见的结果，表明立法机关对长期以来此罪存在的理论争议和适用问题给予了充分关注，并积极地谋求解决途径。
